Para preencher o vácuo deixado, surgiram os Thunderbolts, heróis que, logo de cara, foram aclamados pela opinião pública. No entanto, o bando era composto por vilões decididos a aplicar um golpe de proporções mundiais. A reviravolta na trama deu-se, quando a maioria deles tomou gosto pelo bom-mocismo e abandonou a vida de crimes. Ao longo de 75 edições, os Thunderbolts enfrentaram conflitos internos, dúvidas sobre seus novos papéis e a desconfiança do público e dos Vingadores (de volta à continuidade normal).
No mundo real, apesar das boas histórias de Kurt Busiek e de Fabian Nicieza, o título não cativou os leitores. Assim, o número 76 de Thunderbolts veio totalmente reformulado. Com roteiros de John Arcudi e ilustração de Francisco Ruiz Velasco, os antigos protagonistas foram descartados e a trama voltou-se para supervilões em busca de fama e fortuna em lutas ilegais. Na época, o editor-chefe, Joe Quesada, previu que aquela seria uma das mais singulares e visionárias séries do ano. O cancelamento chegou logo depois.
Agora os Thunderbolts estão de volta em sua formação clássica.
Avengers vs. Thunderbolts é uma minissérie em seis edições programada para março de 2004. Terá desenhos do excelente Barry Kitson (Azrael, LJA: ano um) e textos de Busiek e Nicieza. De acordo com este último, seus eventos ocorrem imediatamente após Thunderbolts 75, ou seja, logo antes da reformulação. Em suma, o que fará os Thunderbolts e os Vingadores entrarem em conflito é uma questão ideológica. Os primeiros acreditam que os fins justificam os meios e não respeitam leis internacionais, fronteiras e não hesitam em chantagear governos e corporações. Os Vingadores, então, vão mostrar aos colegas que existe uma maneira correta de se fazer as coisas.