Após a declaração de Christopher Bergstresser, vice-presidente de licenciamento da Konami, afirmando que as irmãs Wachowski pediram à desenvolvedora que Hideo Kojima fizesse um game de Matrix, o próprio Kojima contou sua versão da história. O diretor afirma que não sabia de nada disso, e lamentou a oportunidade perdida.
De acordo com Bergstresser, as irmãs se encontraram com Kazumi Kitaue, executivo que eventualmente se tornou CEO da Konami, em 1999. A dupla pediu a ele que Kojima fizesse um game inspirado no filme, mas Kitaue negou rapidamente.
Na versão de Kojima, o encontro das Wachowski com Kitaue aconteceu, mas ele já havia acabado quando ele chegou ao escritório. O diretor até conversou com as irmãs, mas não houve menção de um jogo de Matrix. Ainda assim, Kojima lamentou que não pôde ouvir a proposta:
"Nesses 26 anos, ninguém nunca me disse que essa conversa aconteceu [...] Naquela época, eu estava extremamente ocupado com Metal Gear Solid 2 e provavelmente não poderia aceitar a proposta logo de cara. Mas se alguém tivesse me dito, talvez houvesse uma maneira de fazer acontecer", publicou Kojima em seu Twitter.
Apesar de nunca ter ganhado um game por Hideo Kojima, Matrix tem a sua cota de adaptações interativas. A mais recente é The Matrix Awakens, que funciona mais como demonstração da Unreal Engine 5 do que um jogo propriamente dito.